Het voorkomen van allerlei “enge” bacteriën in het IBA-systeem kan bij de onwetende gebruiker/burger leiden tot het idee dat het IBA systeem een bron van ziekten is. De in de zuivering actieve micro-organismen zijn echter geen ziekteverwekkende organismen. Wel moet ingezien worden dat de huishoudelijke lozing zelf ziektekiemen kan bevatten. De meeste organismen die uit ons lichaam of ons voedsel voortkomen kunnen niet echt goed overleven in het vijandige milieu van het IBA-systeem. Zij worden opgenomen in de slibcomplexen en zullen daar worden belaagd door andere organismen. De verblijftijd heeft veel invloed op de overlevingskansen. Hoe langer de verblijftijd, hoe kleiner de overlevingskansen. Een volledig gegarandeerde eliminatie is niet mogelijk met de standaardsystemen. Men moet derhalve terughoudend zijn met het gebruik van IBA effluent, ook als het helder en reukloos is. Hergebruik, zelfs voor het besproeien van de tuin of het doorspoelen van toiletten, is af te raden zonder aanvullende behandeling.